Luận án Nghiên cứu căn nguyên, kết quả điều trị và xác định đường lây truyền của các chủng vi khuẩn đa kháng thuốc gây viêm phổi liên quan đến thở máy bằng kỹ thuật giải trình tự gen thế hệ mới

Tên luận án:

NGHIÊN CỨU CĂN NGUYÊN, KẾT QUẢ ĐIỀU TRỊ VÀ XÁC ĐỊNH ĐƯỜNG LÂY TRUYỀN CỦA CÁC VI KHUẨN ĐA KHÁNG THUỐC GÂY VIÊM PHỔI LIÊN QUAN ĐẾN THỞ MÁY BẰNG KỸ THUẬT GIẢI TRÌNH TỰ GEN THẾ HỆ MỚI

Ngành:

Truyền nhiễm và các Bệnh Nhiệt đới

Tóm tắt nội dung tài liệu:

Viêm phổi liên quan đến thở máy (VPLQTM) là nhiễm trùng nặng, làm tăng tỷ lệ tử vong, thời gian nằm viện và chi phí điều trị. Các vi khuẩn đa kháng hoặc siêu kháng thuốc gây VPLQTM đang là mối đe dọa lớn đối với sức khỏe con người. Nghiên cứu này được tiến hành với ba mục tiêu chính: (1) Xác định căn nguyên và đặc tính kháng kháng sinh của các vi khuẩn gây VPLQTM tại khoa Hồi sức tích cực, Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương từ 7/2017 đến 1/2018; (2) Đánh giá kết quả điều trị bệnh nhân VPLQTM tại cùng địa điểm và thời gian; và (3) Xác định nguồn lây truyền của các vi khuẩn đa kháng thuốc gây VPLQTM bằng kỹ thuật giải trình tự gen thế hệ mới (NGS).

Luận án là nghiên cứu đầu tiên tại Việt Nam sử dụng giải trình tự toàn bộ bộ gen bằng NGS cho hơn 2000 chủng vi khuẩn đa kháng thuốc (A. baumannii, K. pneumoniae, E. coli) nhằm giám sát dịch tễ lây truyền trong bệnh viện. Kết quả nghiên cứu trên 47 bệnh nhân cho thấy, căn nguyên gây VPLQTM phổ biến là các vi khuẩn Gram âm, trong đó hàng đầu là A. baumanii (80,85%), K. pneumoniae (48,94%) và P. aeruginosa (29,79%). Vi khuẩn Gram dương phổ biến nhất là S. aureus (21,28%). Các chủng vi khuẩn này ghi nhận tỷ lệ đề kháng cao với hầu hết các kháng sinh thế hệ mới.

Về kết quả điều trị, tỷ lệ tử vong hoặc xin về để tử vong là 36,18%, và thời gian nằm viện trung bình là 28,0 ± 18,0 ngày, cho thấy mức độ nặng của bệnh. Việc xác định nguồn lây truyền bằng NGS đã chỉ ra sự ưu thế của một số dòng (lineage) vi khuẩn đa kháng thuốc tại khoa HSTC, xác định các gen kháng kháng sinh phổ biến, và sự có mặt của các cụm lây truyền lớn của A. baumannii (39 cụm) và K. pneumoniae (37 cụm) chủ yếu liên quan đến mẫu môi trường. E. coli xuất hiện ít và lây truyền hạn chế (11 cụm). Những thông tin này cung cấp cơ sở quan trọng để đề xuất các biện pháp kiểm soát nhiễm khuẩn phù hợp, đặc biệt là khử khuẩn bề mặt môi trường, nhằm hạn chế sự lây lan của các vi khuẩn đa kháng thuốc trong bệnh viện.

Mục lục chi tiết:

A. GIỚI THIỆU LUẬN ÁN

• Đặt vấn đề
• Tính cấp thiết của đề tài
• Những đóng góp mới của luận án
• Bố cục của luận án

B. NỘI DUNG LUẬN ÁN

CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN

• 1.1. Đại cương về viêm phổi liên quan thở máy
  • 1.1.1. Khái niệm
  • 1.1.2. Tình hình viêm phổi liên quan thở máy trên thế giới
  • 1.1.3. Tình hình viêm phổi liên quan thở máy tại Việt Nam
• 1.2. Căn nguyên vi khuẩn gây viêm phổi liên quan thở máy
  • 1.2.1. Căn nguyên viêm phổi liên quan thở máy tại Việt Nam
  • 1.2.2. Đặc điểm kháng kháng sinh của một số vi khuẩn thường gặp gây viêm phổi liên quan thở máy
• 1.3. Kết quả điều trị BN viêm phổi liên quan thở máy
  • 1.3.1. Thời gian nằm viện của BN viêm phổi liên quan thở máy
  • 1.3.2. Tình hình tử vong ở BN viêm phổi liên quan thở máy
• 1.4. Ứng dụng kỹ thuật giải trình tự gen thế hệ mới trong nghiên cứu nguồn lây truyền của vi khuẩn trong bệnh viện
  • 1.4.1. Đại cương về kỹ thuật giải trình tự gen thế hệ mới
  • 1.4.2. Ứng dụng kỹ thuật giải trình tự gen thế hệ mới trong xác định sự lây truyền của vi khuẩn trong bệnh viện

CHƯƠNG 2: ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU

• 2.1. Đối tượng nghiên cứu
• 2.2. Phương pháp nghiên cứu
  • 2.2.1. Thiết kế nghiên cứu: nghiên cứu mô tả, tiến cứu
  • 2.2.2. Cỡ mẫu và cách chọn mẫu:
  • 2.2.3. Qui trình nghiên cứu:
• 2.3. Thời gian và địa điểm nghiên cứu
• 2.4. Nội dung nghiên cứu
  • 2.4.1. Xác định căn nguyên và đặc tính kháng kháng sinh của các vi khuẩn gây viêm phổi liên quan thở máy tại khoa Hồi sức tích cực, bệnh viện Bệnh Nhiệt đới trung ương
  • 2.4.2. Đánh giá kết quả điều trị bệnh nhân viêm phổi liên quan thở máy tại khoa Hồi sức tích cực, bệnh viện Bệnh Nhiệt đới trung ương
  • 2.4.3. Xác định nguồn lây truyền các vi khuẩn đa kháng thuốc gây viêm phổi liên quan thở máy bằng kỹ thuật giải trình tự gen thế hệ mới
• 2.5. Thu thập số liệu
• 2.6. Phân tích và xử lí số liệu
• 2.7. Đạo đức trong nghiên cứu

CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU

• 3.1. Căn nguyên và đặc tính kháng khánh sinh của các chủng vi khuẩn gây VPLQTM
  • 3.1.1. Phân bố căn nguyên vi khuẩn gây VPLQTM
  • 3.1.2. Đặc điểm KKS của các vi khuẩn gây VPLQTM
• 3.2. Đánh giá kết quả điều trị bệnh nhân VPLQTM
  • 3.2.1. Một số đặc điểm chung của bệnh nhân nghiên cứu
  • 3.2.2. Tình trạng bệnh nhân lúc ra viện
  • 3.2.3. Tình hình sử dụng kháng sinh trên bệnh nhân
• 3.3. Xác định nguồn lây truyền của các vi khuẩn đa kháng thuốc bằng kỹ thuật giải trình tự gen thế hệ mới
  • 3.3.1. Phân bố các Sequence Types (STs) của vi khuẩn
  • 3.3.2. Gen kháng thuốc của các loài vi khuẩn
  • 3.3.4. Cụm lây truyền vi khuẩn đa kháng thuốc giữa các BN

CHƯƠNG 4: BÀN LUẬN

• 4.1. Căn nguyên và đặc tính kháng khánh sinh của các chủng vi khuẩn gây viêm phổi liên quan thở máy
  • 4.1.1. Phân bố căn nguyên vi khuẩn gây VPLQTM
  • 4.1.2. Đặc điểm kháng kháng sinh của các loài vi khuẩn
• 4.2. Kết quả điều trị BN viêm phổi liên quan thở máy
  • 4.2.1. Một số đặc điểm chung của BN trong nghiên cứu
  • 4.2.2. Tình trạng bệnh nhân lúc ra viện
  • 4.2.3. Tình hình sử dụng kháng sinh trên bệnh nhân
• 4.3. Xác định nguồn lây truyền của các vi khuẩn đa kháng thuốc bằng kỹ thuật giải trình tự gen thế hệ mới
  • 4.3.1. Phân bố các Sequence Types (ST) của vi khuẩn
  • 4.3.2. Gen kháng thuốc của các vi khuẩn
  • 4.3.3. Cụm lây truyền vi khuẩn đa kháng thuốc giữa các BN

KẾT LUẬN

• 1. Căn nguyên và đặc tính kháng kháng sinh của các chủng vi khuẩn gây viêm phổi liên quan thở máy
• 2. Đánh giá kết quả điều trị bệnh nhân viêm phổi liên quan thở máy
• 3. Xác định nguồn lây truyền của các vi khuẩn đa kháng thuốc bằng kỹ thuật giải trình tự gen thế hệ mới

KHUYẾN NGHỊ