Luận án Nghiên cứu tính kháng kháng sinh ở mức độ phân tử của Salmonella spp. phân lập từ thực phẩm tại Thành phố Hồ Chí Minh

Tên luận án:

NGHIÊN CỨU TÍNH KHÁNG KHÁNG SINH Ở MỨC ĐỘ PHÂN TỬ CỦA SALMONELLA SPP. PHÂN LẬP TỪ THỰC PHẨM TẠI THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH

Ngành:

Chuyên ngành: CÔNG NGHỆ SINH HỌC

Mã số ngành: 9.42.02.01

Tóm tắt nội dung tài liệu:

Luận án tập trung nghiên cứu tính kháng kháng sinh ở mức độ phân tử của Salmonella spp. phân lập từ thực phẩm tại Thành phố Hồ Chí Minh, trong bối cảnh việc sử dụng kháng sinh rộng rãi trong nông nghiệp đã làm gia tăng khả năng kháng kháng sinh của vi sinh vật, gây ra mối lo ngại lớn về sức khỏe cộng đồng và an toàn thực phẩm. Salmonella là nguyên nhân chính gây ngộ độc thực phẩm, với sự xuất hiện ngày càng nhiều các chủng đa kháng. Tại Việt Nam, hệ thống giám sát Salmonella kháng kháng sinh trong thực phẩm còn hạn chế, đặc biệt ở mức độ phân tử.

Nghiên cứu được thực hiện với hai mục tiêu chính: khảo sát tỷ lệ nhiễm và mức độ nhạy cảm với kháng sinh của Salmonella spp. phân lập từ các nhóm thực phẩm khác nhau tại các chợ bán lẻ ở Thành phố Hồ Chí Minh; và nghiên cứu các đặc điểm phân tử liên quan đến cơ chế kháng kháng sinh của Salmonella spp., bao gồm xác định các nhóm gen kháng, sự hiện diện của integron, vùng gen cassette và plasmid không tương hợp ở các chủng đa kháng.

Kết quả cho thấy tỷ lệ nhiễm Salmonella tổng thể là 16,84%, với các chủng phân lập có khả năng kháng cao đối với TE, AMP, STR, C và SXT (34,67%-52,00%), trong khi đó 96,00% chủng nhạy cảm với CAZ. Luận án đã định danh được 07 serovar đa kháng, trong đó S. Kentucky là phổ biến nhất. Đáng chú ý, 100% serovar Salmonella đa kháng mang integron nhóm 1 và 3, và 52,38% mang integron nhóm 2, cùng với sự hiện diện của vùng gen cassette và 100% serovar mang plasmid. Nghiên cứu cũng đã xác định các đột biến gen quan trọng trên blaTEM, blaCT, gyrA và parC, liên quan đến cơ chế kháng kháng sinh. Đặc biệt, tính đa kháng của Salmonella enterica sups. serovar Kentucky được ghi nhận có liên quan đến yếu tố di truyền chuyển vị Tn21 mã hóa Urf2. Những phát hiện này cung cấp dữ liệu quan trọng về tình hình kháng kháng sinh của Salmonella từ thực phẩm ở Thành phố Hồ Chí Minh, góp phần vào việc hiểu rõ hơn về cơ chế phân tử của hiện tượng này.

Mục lục chi tiết:

• CHƯƠNG 1. TỔNG QUAN TÀI LIỆU

  • 1.1 Tình hình thực phẩm nhiễm Salmonella trên thế giới
  • 1.2 Tình hình thực phẩm nhiễm Salmonella tại Việt Nam
  • 1.3 Thực trạng sử dụng và tồn dư kháng sinh
  • 1.4 Tình hình kháng kháng sinh của Salmonella
    • 1.4.1 Tình hình kháng kháng sinh của Salmonella trên thế giới
    • 1.4.2 Tình hình kháng kháng sinh của Salmonella tại Việt Nam
  • 1.5 Đặc điểm sinh học của Salmonella
  • 1.6 Cơ chế kháng ẞ-lactam, quinolone, tetracycline, aminoglycoside, phenicol, sulfonamide/trimethoprim của Salmonella
  • 1.7 Tình hình nghiên cứu gen kháng kháng sinh của Salmonella
  • 1.8 Yếu tố di truyền di động

• CHƯƠNG 2. PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU

  • 2.1 Vật liệu
    • 2.1.1 Nguyên liệu
    • 2.1.2 Môi trường, hóa chất, kháng sinh, các bộ kit
    • 2.1.3 Chủng chuẩn vi sinh vật dùng làm kiểm soát
    • 2.1.4 Thiết bị
  • 2.2 Phương pháp
  • 2.3 Phương pháp lấy và bảo quản mẫu
  • 2.4 Phương pháp phân lập và xác định serovar của Salmonella
  • 2.5 Khảo sát tính nhạy với kháng sinh của Salmonella
  • 2.6 Ly trích DNA của Salmonella
  • 2.7 Phương pháp phát hiện Salmonella bằng kỹ thuật PCR
  • 2.8 Phương pháp PCR khảo sát sự hiện diện integron, các vùng gen cassette, plasmid không tương hợp; gen kháng nhóm beta-lactam, tetracyline, phenicol, sulfonamid, aminoglycoside và quinolon.
  • 2.9 Phân tích mối tương quan giữa các yếu tố di truyền di động với các gen kháng kháng sinh dựa vào kỹ thuật giải trình tự gen thế hệ mới (WGS).
  • 2.10 Phương pháp xử lý số liệu

• CHƯƠNG 3. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN

  • 3.1 Xác định tỷ lệ nhiễm Salmonella đối với các nhóm thực phẩm
  • 3.2 Đặc điểm kháng kháng sinh của các chủng Salmonella
    • 3.2.1 Khả năng kháng kháng sinh của các chủng Salmonella
    • 3.2.2 Khả năng kháng từng loại kháng sinh của các chủng Salmonella
    • 3.2.3 Khả năng kháng từng loại kháng sinh của các chủng Salmonella theo nguồn phân lập
    • 3.2.4 Kiểu hình kháng kháng sinh của các chủng Salmonella
  • 3.3 Kết quả xác định serovar của Salmonella đa kháng
  • 3.4 Mức độ kháng từng loại kháng sinh của serovar theo nguồn phân lập
  • 3.5 Sự hiện diện các nhóm integron của Salmonella
  • 3.6 Đặc điểm vùng gen cassette của Salmonella dương tính với integron nhóm 1, 2
  • 3.7 Đặc điểm plasmid của vi khuẩn Salmonella
  • 3.8 Sự hiện diện gen mã hóa sinh ESBL
  • 3.9 Sự hiện diện gen kháng nhóm tetracyline
  • 3.10 Sự hiện diện gen kháng nhóm phenicol
  • 3.11 Sự hiện diện gen kháng nhóm sulfonamide
  • 3.12 Sự hiện diện gen kháng nhóm aminoglycoside
  • 3.13 Sự hiện diện gen kháng nhóm quinolon
  • 3.14 Phân tích mối quan hệ các nhóm gen kháng kháng sinh với cơ chế đa kháng của các serovar
    • 3.14.1 Phân tích nhóm gen liên quan yếu tố di truyền di động
    • 3.14.2 Phân tích các nhóm gen kháng kháng sinh ở các chủng Salmonella
    • 3.14.3 Các gen liên quan đến kháng nhóm ẞ-lactam
    • 3.14.4 Các gen liên quan đến kháng nhóm phenicol
    • 3.14.5 Các gen liên quan đến kháng nhóm quinolon
    • 3.14.6 Các gen liên quan đến kháng nhóm aminoglycoside
    • 3.14.7 Các gen liên quan đến kháng nhóm tetracycline
    • 3.14.8 Các gen liên quan đến kháng nhóm sulfonamide/ trimethoprim