NGHIÊN CỨU HỆ GEN TY THỂ, ĐƠN VỊ MÃ HÓA RIBOSOME CỦA SÁN LÁ PHỔI HỌ PARAGONIMIDAE TẠI VIỆT NAM VÀ MỘT SỐ KHU VỰC CHÂU Á
Hóa sinh học
Luận án tập trung vào nghiên cứu hệ gen ty thể (mtDNA) và đơn vị mã hóa ribosome (rTU) của sán lá phổi (Paragonimus) thuộc họ Paragonimidae ở Việt Nam và một số khu vực châu Á. Sán lá phổi Paragonimus gây bệnh lây nhiễm qua thức ăn, có sự đa dạng di truyền cao, gây khó khăn trong phân loại hình thái học, do đó đòi hỏi dữ liệu sinh học phân tử chính xác. Dữ liệu mtDNA và rTU cho họ Paragonimidae hiện còn hạn chế.
Mục tiêu của nghiên cứu là thu nhận toàn bộ hệ gen ty thể và đơn vị mã hóa ribosome của các loài Paragonimus tại Việt Nam và châu Á, bao gồm P. heterotremus (Việt Nam), P. ohirai (Nhật Bản), và rTU từ P. miyazakii, P. iloktsuenensis, P. westermani. Nghiên cứu tiến hành giải trình tự, phân tích đặc điểm gen học, và xây dựng phả hệ.
Kết quả nổi bật bao gồm việc thu nhận thành công toàn bộ mtDNA của P. heterotremus (15.722 bp) và P. ohirai (14.818 bp), mỗi hệ gen chứa 36 gen (12 gen mã hóa protein, 2 gen rRNA, 22 gen tRNA và một vùng không mã hóa). Luận án cũng thu được toàn bộ phần mã hóa rTU của 6 chủng/5 loài, với kích thước từ 6.932 bp đến 8.616 bp. Các phân tích chi tiết đã xác định đặc điểm cấu trúc, sắp xếp gen, thành phần nucleotide (giàu A+T trong mtDNA, giàu G+T trong rTU), thiên vị bộ mã và cấu trúc bậc hai của các gen rRNA cùng vùng giao gen ITS-1, ITS-2, với một số phát hiện mới về cấu trúc lặp TRU và cấu trúc bậc hai điển hình ở SLP châu Á.
Phân tích phả hệ dựa trên chuỗi amino acid cộng hợp của 12 PCG và chuỗi 28S rRNA/18S+28S rRNA toàn phần đã làm rõ vị trí phân loại và quan hệ phả hệ của các loài Paragonimus châu Á trong phân bộ Troglotremata, xác định họ Paragonimidae và Nanophyetidae là các nhóm “đồng vị” (sister group) và họ Collyriclidae là “lệch vị” (paraphyletic). Các dữ liệu gen học này đóng góp quan trọng cho nghiên cứu dịch tễ học phân tử, chẩn đoán, tiến hóa và di truyền quần thể của sán lá phổi, bổ sung vào cơ sở dữ liệu gen toàn cầu.