Luận án Nghiên cứu tác nhân vi khuẩn gây viêm phổi thở máy và gene kháng thuốc bằng kỹ thuật sinh học phân tử

Tên luận án:

NGHIÊN CỨU TÁC NHÂN VI KHUẨN GÂY VIÊM PHỔI THỞ MÁY VÀ GENE KHÁNG THUỐC BẰNG KỸ THUẬT SINH HỌC PHÂN TỬ

Ngành:

Hồi sức cấp cứu và chống độc

Tóm tắt nội dung tài liệu:

Viêm phổi thở máy (VPTM) là một thách thức y tế toàn cầu với tỉ lệ mắc và tử vong cao, kéo dài thời gian nằm viện và tăng chi phí điều trị đáng kể. Việc chẩn đoán tác nhân vi khuẩn chính xác và kịp thời mang tính tiên lượng, tuy nhiên các phương pháp vi sinh kinh điển còn nhiều hạn chế, đặc biệt khi gặp vi khuẩn khó mọc, hiếm gặp, yếm khí hoặc trên bệnh nhân đã dùng kháng sinh. Nghiên cứu này hướng tới việc xác định đặc điểm vi khuẩn gây VPTM và gene kháng thuốc bằng kỹ thuật sinh học phân tử.

Mục tiêu nghiên cứu bao gồm: xác định đặc điểm vi khuẩn gây VPTM bằng giải trình tự gene 16S-rRNA và so sánh với phương pháp định danh truyền thống; đánh giá giá trị MIC và tỉ lệ đề kháng kháng sinh; và xác định gene kháng thuốc bằng PCR cùng mối liên quan với MIC.

Công trình đã thực hiện trên 220 bệnh nhân thở máy tại Thành phố Hồ Chí Minh. Những đóng góp mới của luận án bao gồm việc phát hiện các loài vi khuẩn mới, đặc biệt là vi khuẩn yếm khí, trong đường hô hấp của bệnh nhân VPTM. Nghiên cứu cũng cung cấp dữ liệu MIC của sáu loại kháng sinh chủ lực, đặc biệt là nồng độ MIC của colistin đối với A. baumannii. Ngoài ra, luận án còn cung cấp bức tranh tổng thể về gene kháng thuốc của các vi khuẩn chính yếu gây VPTM và mối liên quan với MIC, từ đó hỗ trợ các bác sĩ lâm sàng trong việc nhận định tác nhân, gene kháng thuốc và lựa chọn kháng sinh phù hợp, tối ưu hóa hiệu quả điều trị.

Kết quả cho thấy 164/220 bệnh nhân dương tính với cấy định lượng dịch rửa phế quản phế nang, phân lập được 177 vi khuẩn thuộc 11 loài, trong đó A. baumannii, K. pneumoniae và P. aeruginosa là ba loài phổ biến nhất (chiếm 81%). Phương pháp sinh học phân tử định danh được 388 vi khuẩn thuộc 109 loài từ 76 mẫu. Có sự đồng thuận cao giữa hai phương pháp đối với vi khuẩn Gram âm/dương dễ mọc. Gần 85% vi khuẩn phân lập được là đa kháng. 81% vi khuẩn mang gene kháng thuốc (IMP, KPC, OXA, NDM, SPM, BIC, TEM, SHV), nhưng mối liên quan với MIC chưa đủ mạnh (P > 0.05). Nghiên cứu kiến nghị tiếp tục thực hiện xét nghiệm định danh và kháng sinh đồ cho vi khuẩn yếm khí, xét nghiệm MIC thường quy và triển khai sinh học phân tử tại các bệnh viện.

Mục lục chi tiết:

• Đặt vấn đề (2 trang)
• Kết luận và kiến nghị (4 trang)
• Chương 1 - Tổng quan tài liệu (29 trang)
  • 1.1. Định nghĩa: Viêm phổi thở máy (VPTM) là viêm nhu mô phổi xảy ra sau 48 giờ thở máy qua nội khí quản hoặc qua khai khí quản.
  • 1.2. Tỉ lệ mới mắc: dao động từ 10% đến 52%.
  • 1.3. Tỉ lệ tử vong: Có thể lên tới 76%.
  • 1.4. Bệnh nguyên:
    • 1.4.1. Định danh vi khuẩn dựa vào kiểu hình:
    • 1.4.2. Định danh vi khuẩn dựa trên sinh học phân tử:
  • 1.5. Các yếu tố nguy cơ:
  • 1.6. Chẩn đoán:
  • 1.7. Thực hiện kháng sinh đồ
    • 1.7.1. Kháng sinh đồ khuếch tán:
    • 1.7.2. Kháng sinh đồ định lượng MIC:
  • 1.8. Ứng dụng sinh học phân tử trong phát hiện gene kháng thuốc:
• Chương 2 - Đối tượng và phương pháp nghiên cứu (16 trang)
  • 2.1. Thiết kế nghiên cứu:
  • 2.2. Địa điểm nghiên cứu:
  • 2.3. Thời gian nghiên cứu:
  • 2.4. Đối tượng nghiên cứu:
  • 2.5. Cỡ mẫu và công thức tính cỡ mẫu
  • 2.6. Tiêu chuẩn chọn mẫu
    • 2.6.1. Tiêu chuẩn chọn vào nghiên cứu:
    • 2.6.2. Tiêu chuẩn loại ra:
  • 2.7. Phương pháp tiến hành:
• Chương 3 - Kết quả nghiên cứu (28 trang)
  • 3.1. Đặc điểm chung
  • 3.2. Định danh vi khuẩn dựa trên vi sinh kinh điển
  • 3.3. Định danh vi khuẩn dựa trên giải trình tự gene 16S-rRNA
  • 3.5. So sánh giữa giải trình tự gene 16S-rRNA và vi sinh kinh điển trong định danh VK
  • 3.8. Kết quả kháng sinh đồ
    • 3.8.1. Kết quả kháng sinh đồ khuếch tán chung
    • 3.8.8. Các dạng đề kháng kháng sinh của Acinetobacter baumannii, Klebsiella pneumoniae và Pseudomonas aeruginosa
    • 3.9. Kết quả kháng sinh đồ MIC dựa trên E-test
      • 3.9.1. Kháng sinh đồ MIC đối với A. baumannii:
      • 3.9.2. Kháng sinh đồ MIC đối với K. pneumoniae:
      • 3.9.3. Kháng sinh đồ MIC đối với P. aeruginosa (n = 29)
  • 3.10. Kết quả PCR tìm gene kháng thuốc
    • 3.10.1. Phân bố gene kháng thuốc phát hiện được từ các VK Acinetobacter baumannii, Klebsiella pneumoniae và Pseudomonas aeruginosa.
    • 3.10.2. Mối liên quan gene kháng thuốc và đề kháng kháng sinh:
• Chương 4 - Bàn luận (29 trang)
  • 4.1. Định danh vi khuẩn
    • 4.1.1. Dựa trên vi sinh kinh điển
    • 4.1.2. Định danh vi khuẩn dựa trên sinh học phân tử
  • 4.2. Kết quả kháng sinh đồ
    • 4.2.1. Kháng sinh đồ khuếch tán:
    • 4.2.2. Kháng sinh đồ định lượng xác định MIC:
  • 4.3. Xác định gene kháng thuốc và mối liên quan với đề kháng kháng sinh:
• Kết luận
  • 1. Định danh vi khuẩn gây VPTM:
    • Dựa vào vi sinh kinh điển:
    • Dựa vào sinh học phân tử:
    • So sánh giữa giải trình tự gene 16S-rRNA và vi sinh kinh điển trong định danh vi khuẩn:
  • 2. Kháng sinh đồ của vi khuẩn gây VPTM:
    • Kháng sinh đồ khuếch tán trên đĩa giấy tẩm kháng sinh:
    • Kháng sinh đồ định lượng MIC trên que E-test:
  • 3. Các gene kháng thuốc phát hiện được và mối liên quan với MIC:
• Kiến nghị
  • 1. Thực hiện thêm xét nghiệm định danh và kháng sinh đồ đối với các vi khuẩn yếm khí trong các mẫu dịch tiết đường hô hấp dưới cho những bệnh nhân nghi ngờ VPTM trên lâm sàng.
  • 2. Xét nghiệm tìm nồng độ ức chế tối thiểu (MIC) thường qui đối với các vi khuẩn gây VPTM. Đặc biệt trên các vi khuẩn nghi ngờ đa kháng kháng sinh.
  • 3. Triển khai sinh học phân tử trong phát hiện vi khuẩn gây bệnh và tìm các gene kháng thuốc tại bệnh viện Nhân Dân Gia Định và các bệnh viện khác trong thành phố Hồ Chí Minh.