NGHIÊN CỨU SỰ BIẾN ĐỔI DI TRUYỀN CÁC GEN PB2, PB1 VÀ PA POLYMERASE CỦA VIRUS CÚM A/H5N1 ĐƯƠNG NHIỄM TẠI VIỆT NAM
Hóa sinh Y học
Luận án tập trung nghiên cứu sự biến đổi di truyền của các gen PB2, PB1 và PA polymerase thuộc virus cúm A/H5N1 lưu hành tại Việt Nam. Virus cúm A, thuộc họ Orthomyxoviridae, là tác nhân gây ra các đại dịch cúm ở người, với khả năng biến đổi và lây truyền từ chim hoang dã sang người và các loài động vật khác. Các gen PB2, PB1 và PA đóng vai trò thiết yếu trong việc mã hóa các protein polymerase, cấu thành phức hợp enzym polymerase, qua đó quyết định khả năng thích nghi và nhân lên của virus trong vật chủ. Đặc biệt, gen PB1 còn chứa hai khung đọc mở là PB1-F2 và PB1-N40, mã hóa các protein liên quan đến độc lực của virus cúm A.
Nghiên cứu được thực hiện trên 06 biến chủng virus cúm A/H5N1 thể độc lực cao, đại diện cho ba phân nhóm gen H5 (2.3.4.3, 2.3.2.1 và 1.1), được phân lập tại Việt Nam từ năm 2007 đến 2011 từ các mẫu bệnh phẩm gia cầm chết bệnh. Các gen PB2, PB1 và PA của các chủng này sau đó được so sánh và phân tích đặc tính di truyền với 25 chủng tham chiếu đại diện cho bốn nhóm virus cúm A/H5N1 clade 1, 1.1, 2.3.4.3 và 2.3.2.1 từ Việt Nam và một số quốc gia khác trong giai đoạn 2007-2012.
Phương pháp nghiên cứu bao gồm các kỹ thuật sinh học phân tử như tách chiết RNA tổng số, chuyển đổi RNA thành cDNA bằng kỹ thuật RT-PCR, tinh sạch DNA sản phẩm, điện di nucleic acid trên gel, kỹ thuật dòng hóa DNA vào vector PCR2.1-TOPO, và giải trình tự nucleotide. Các bộ kit sinh phẩm từ các hãng uy tín như QIAGEN, Fermentas, Bioneer, Invitrogen đã được sử dụng.
Kết quả cho thấy, các gen PB2, PB1 và PA polymerase của sáu biến chủng virus cúm A/H5N1 nghiên cứu đều có số lượng nucleotide lần lượt là 2.280, 2.274 và 2.151. Trình tự gen PB1 của các chủng nghiên cứu có 2.274 nucleotide mã hóa 757 amino acid, tương đồng với 19 chủng tham chiếu, nhưng cũng ghi nhận 98 vị trí sai khác về nucleotide. Protein PB1-F2 của hai chủng DkNA72-2007 và DkNA114-2007 (clade 2.3.4.3) chứa đầy đủ 90 amino acid và bảo tồn arginin tại vị trí 66. Khung đọc mở gen PB1-N40 được xác định có mặt ở tất cả 6 biến chủng nghiên cứu và 19 chủng tham chiếu, lồng trong khung đọc của gen PB1, bắt đầu từ mã khởi đầu ATG tại vị trí nucleotide 118-120 và kết thúc bằng mã TAG. Gen PB1-N40 này chứa 2.157 nucleotide, mã hóa cho protein PB1-N40 gồm 718 amino acid, thiếu hụt 39 amino acid vùng đầu N-tận so với protein PB1. Nghiên cứu cũng xây dựng cây phả hệ nguồn gốc dựa trên trình tự nucleotide gen PB2 polymerase.