Luận án Nghiên cứu xây dựng phương pháp phân tích một số vi rút có nguy cơ cao trong nhuyễn thể hai mảnh vỏ và đặc điểm sinh học phân tử

Tên luận án:

NGHIÊN CỨU XÂY DỰNG PHƯƠNG PHÁP PHÂN TÍCH MỘT SỐ VI RÚT CÓ NGUY CƠ CAO TRONG NHUYỄN THỂ HAI MẢNH VỎ VÀ ĐẶC ĐIỂM SINH HỌC PHÂN TỬ

Ngành:

Công nghệ Sinh học

Tóm tắt nội dung tài liệu:

Luận án này tập trung vào việc giải quyết nhu cầu cấp thiết về phương pháp phân tích các vi rút có nguy cơ cao trong nhuyễn thể hai mảnh vỏ (NTHMV), một mặt hàng thủy sản quan trọng của Việt Nam đối mặt với các quy định chặt chẽ từ thị trường quốc tế, đặc biệt là Liên minh châu Âu. Tình trạng viêm dạ dày ruột và viêm gan do tiêu thụ NTHMV nhiễm vi rút, bao gồm Norovirus (NoV), vi rút viêm gan A (HAV), vi rút viêm gan E (HEV) và Astrovirus ở người (HAstV), là một vấn đề sức khỏe cộng đồng đáng lo ngại. Trong khi quy trình ISO 15216-2:2013 đã bao phủ NoV và HAV, thì các quy trình phát hiện HAstV và HEV vẫn chưa được chuẩn hóa, và dữ liệu về đặc điểm sinh học phân tử của các vi rút này tại Việt Nam còn hạn chế.

Mục tiêu chính của nghiên cứu là xây dựng và tối ưu hóa các quy trình Real-time RT-PCR để phát hiện và định lượng HEV và HAstV trong NTHMV theo tiêu chuẩn ISO 15216-2:2013. Đồng thời, nghiên cứu cũng áp dụng các quy trình này để đánh giá tình trạng nhiễm vi rút và phân tích đặc điểm sinh học phân tử của các tác nhân gây bệnh truyền qua thực phẩm trong NTHMV.

Các kết quả nổi bật bao gồm việc tối ưu thành công bộ mồi, mẫu dò và điều kiện phản ứng Real-time RT-PCR cho HEV và HAstV, đảm bảo độ đặc hiệu 100% và giới hạn phát hiện thấp (từ 3,54 x 10² đến 6,84 x 10² bản sao/mL). Một quy trình rút gọn 40 phút cũng được phát triển để phục vụ xét nghiệm nhanh. Khi áp dụng trên 240 mẫu NTHMV thu thập năm 2016 và 2022, nghiên cứu cho thấy tỷ lệ nhiễm tạp vi rút giảm đáng kể từ 65,8% (năm 2016) xuống 17,5% (năm 2022) (p < 0,05). NoV vẫn là tác nhân phổ biến nhất, với các kiểu gen GI.5 và GII.3 chiếm ưu thế. HEV và HAstV lần lượt được xác định là kiểu gen HEV-3 và HAstV-1.

Sản phẩm của đề tài bao gồm quy trình phát hiện, định lượng vi rút viêm gan E và Astrovirus trong NTHMV bằng kỹ thuật Real-time RT-PCR và kết quả giải trình tự của các mẫu dương tính với NoV, HEV và HAstV phát hiện được trong năm 2016. Nghiên cứu này đóng góp vào việc nâng cao năng lực kiểm soát an toàn thực phẩm và tăng cường tính cạnh tranh cho các sản phẩm NTHMV của Việt Nam trên thị trường quốc tế.

Mục lục chi tiết:

• 1. TỔNG QUAN

  • 1.1. Tình hình sản xuất, tiêu thụ nhuyễn thể hai mảnh vỏ và thách thức về an toàn thực phẩm
    • 1.1.1. Tình hình sản xuất và tiêu thụ nhuyễn thể hai mảnh vỏ
    • 1.1.2. Tình hình nhiễm vi rút gây bệnh truyền qua thực phẩm trong nhuyễn thể hai mảnh vỏ
  • 1.2. Đặc điểm sinh học các vi rút gây bệnh truyền qua thực phẩm trong nhuyễn thể hai mảnh vỏ
    • 1.2.1. Norovirus
    • 1.2.2. Hepatitis A virus
    • 1.2.3. Hepatitis E virus
    • 1.2.4. Astrovirus
  • 1.3. Quy trình phát hiện và định lượng vi rút trong nhuyễn thể hai mảnh vỏ
    • 1.3.1. Các phương pháp tách chiết RNA vi rút
    • 1.3.2. Các phương pháp xác định vi rút
  • 1.4. Các quy trình phát hiện và định lượng vi rút trong nhuyễn thể hai mảnh vỏ dựa trên kỹ thuật Real-time RT-PCR
  • 1.5. Ứng dụng công nghệ MGB và LNA nhằm tăng nhiệt độ nóng chảy của bộ mồi, mẫu dò trong phản ứng Real - time RT - PCR
  • 1.6. Phương pháp xác định kiểu gen vi rút
    • 1.6.1. Kỹ thuật Nested RT - PCR
    • 1.6.2. Kỹ thuật giải trình tự Sanger
  • 1.7. Tình hình nghiên cứu sự lưu hành các kiểu gen của NoV, HAV, HEV, HAstV trên thế giới và tại Việt Nam
    • 1.7.1. Tình hình nghiên cứu trên thế giới
    • 1.7.2. Tình hình nghiên cứu tại Việt Nam

• 2. VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU

  • 2.1. Vật liệu nghiên cứu
    • 2.1.1. Vật liệu kiểm soát
    • 2.1.2. Mẫu nhuyễn thể hai mảnh vỏ
    • 2.1.3. Oligonucleotide
    • 2.1.4. Hóa chất
    • 2.1.5. Thiết bị
  • 2.2. Phương pháp nghiên cứu
    • 2.2.1. Xây dựng quy trình Real-time RT-PCR phát hiện và định lượng RNA của HEV và HAstV từ nhuyễn thể hai mảnh vỏ
    • 2.2.2. Áp dụng quy trình đã xây dựng phát hiện và định lượng vi rút gây bệnh truyền qua thực phẩm trong nhuyễn thể hai mảnh vỏ
    • 2.2.3. Xác định kiểu gen của các chủng vi rút gây bệnh truyền qua thực phẩm phát hiện được trong nhuyễn thể hai mảnh vỏ